De kerk heeft een viertal vaste muziekinstrumenten, drie orgels en een beiaard, tot haar beschikking.
Het Kam-orgel
Het meest imposante van de drie orgels is het Kamorgel. Het is een monumentaal, romantische muziekinstrument. In de 17e eeuw kreeg de Antwerpense orgelbouwer Nicolaas van Hagen opdracht tot de bouw van een nieuw instrument. Het diende ter vervanging van een orgel dat hing in het transept, gemaakt door de orgelmaker Kiespenning. Geldgebrek maakte dat het werk maar langzaam vorderde. Uiteindelijk werd het instrument voltooid in 1678 door de orgelmaker Carl Jacobsz. Pellereyn uit Dordrecht.
Meer informatie over het Kamorgel
Het instrument is gebouwd volgens het zogenaamde ‘Hamburger Prospekt’, waarbij de pedaaltorens ter weerszijden doorlopen tot naast het rugpositief Het front werd bekroond met in totaal 6 wapens. Het wapen van het graafschap Holland, het stadswapen van Dordrecht en de familiewapens van de vier kerkmeesters, J. Hallincg, J. Van Beveren, A. Van Bleijenburg en C. De Witt.
In 1855 werd besloten het orgel, dat zich toentertijd in slechte conditie was, geheel te vernieuwen. De opdracht voor de bouw van een geheel nieuw binnenwerk ging naar de firma Kam uit Rotterdam. De oude orgelkas uit 1671 bleef bewaard. Het nieuwe orgel werd in gebruik genomen in 1859. Sindsdien staat het orgel bekend als het Kamorgel.
Sindsdien vonden een aantal restauraties plaats, de laatste in de periode 2007-2010 door orgelmakerij Reil.
De dispositie van het Kam-orgel
| Hoofdwerk | Rugwerk | Bovenwerk (zw) | Pedaal |
| Prestant 16′ | Bourdon 16′ | Baarpijp 8′ | Subbas 32′ |
| Gedekt 16′ | Prestant 8′ | Holpijp 8′ | Principaal 16′ |
| Prestant 8′ | Gemshoorn 8′ | Viola di Gamba 8′ | Violon 16′ |
| Roerfluit 8′ | Salicionaal 8′ | Quintadeen 8′ | Subbas 16′ |
| Holfluit 8′ | Bourdon 8′ | Salicionaal 8′ | Octaaf 8′ |
| Octaaf 4′ | Octaaf 4′ | Open Fluit 4′ | Gedekt 8′ |
| Roerfluit 4′ | Gemshoorn 4′ | Gedekt 4′ | Quint 6′ |
| Quint 3′ | Quint 3′ | Nazard 3′ | Octaaf 4′ |
| Octaaf 2′ | Octaaf 2′ | Woudfluit 2′ | Bazuin 16′ |
| Gemshoorn 2′ | Mixtuur 3-4 st. | Carillon 3 st. | Trombone 8′ |
| Mixtuur 4-5 st. | Cornet D 5 st. | Schalmei 8′ | Trompet 4′ |
| Cornet D 5 st. | Trompet 8′ | Vox Humana 8′ | |
| Trompet 16′ | Dulciaan 8′ | ||
| Trompet 8′ | Tremulant | ||
| Clarinet 4′ |
Het Bach-orgel
Rond de eeuwwisseling werd de Stichting Bachorgel Grote Kerk Dordrecht opgericht. Het doel was om een in Nederland nog niet aanwezig type barokorgel te laten bouwen waarop de muziek van Johann Sebastian Bach optimaal tot zijn recht zou kunnen komen. Om die reden is gekozen voor de naam ‘Bach-orgel’.
Meer informatie over het Bach-orgel
Het beroemde Silbermann-orgel te Freiberg is gekozen als klankvoorbeeld voor het nog te bouwen orgel. Ook de Silbermann-orgels van de Stadtkirche St. Petri in Freiberg en de Kathedrale Sankt Trinitatis in Dresden inspireerden de bouwers van het orgel. Het Silbermann-orgel in de Evangelischen Kirche van Reinhardtsgrimma stond model voor het klaviatuur.
Het orgel werd geplaatst in het Mariakoor, waar het in de koorafsluiting werd opgesteld. Het werd gebouwd door de Limburgse orgelbouwer Verschueren Orgelbouw en wordt daarom ook wel het Verschueren-orgel genoemd. In september 2007 werd het orgel feestelijk in gebruik genomen.
Dispositie Bachorgel
| Hoofdwerk (C-d”’) | bovenwerk (C-d”’) | Pedaal (C-d’) |
| Principal 8 F. | Principal 8 F. | Principal-Bass 16 F.* |
| Viol di Gamba 8 F. | Gedackt 8 F. | Octav-Bass 8 F. |
| Cornett | Octava 4 F. | Octav-Bass 4 F. |
| Bordun 16 F. | Quintadehn 8 F. | Ped. Mixtur 6 fach |
| Rohr-Flöthe 8 F. | Rohr-Flöthe 4 F. | Posaunen-Bass 16 F.* |
| Octava 4 F. | Nassat 3 F. | Trompeten-Bass 8 F. |
| Spitz-Flöthe 4 F. | Octava 2 F. | Clarin-Bass 4 F. |
| Quinta 3 F. | Gemsshorn 2 F. | |
| Octava 2 F. | Tertia 1 3/5 F. | |
| Tertia 1 3/5 F. | Quinta 1 1/2 F. | |
| Mixtur 4 fach | Suffloeth 1 F. | |
| Cimbel 4 fach | Mixtur 4 fach | |
| Fachott 16 F. | Krumbhorn 8 F. | |
| Trompete 8 F. |
Het Kabinet-orgel
Het kleinste, vaste muziekinstrument van de Grote Kerk is het kabinet-orgel.
In 1785 bouwde orgelbouwer Pieter Johannes Geerkens uit Dordrecht dit instrument. Het is niet bekend voor wie het orgel werd gemaakt. Het dook in het begin van de 20e eeuw op. Het werd in 1916 gekocht bij de pianohandelaar Ernst Krill te Utrecht.
Meer informatie over het Kabinet-orgel
Het orgel stond langere tijd in museum Huis van Gijn in Dordrecht. Sinds enkele jaren staat het orgel opgesteld in het Hoogkoor van de Grote Kerk.
Dispositie kabinetorgel
| Holpijp 8 ‘ B/D |
| Prestant 8 ‘ D |
| Fluit 4′ B/D |
| Quint 3′ D |
| Prestant 2′ B/D |
| Octaaf 1′ B |
De Beiaard
Naast de orgels, bedoeld voor bezoekers van de kerk, kent de kerk ook een muziekinstrument voor bezoekers van de stad. De beiaard met zijn 67 klokken geniet internationale bekendheid vanwege zijn goede akoestiek, zuivere toon en uitstekende bespeelbaarheid. De meeste klokken zijn gegoten door de Koninklijke Eijsbouts (Asten).
Meer informatie over de Beiaard
De gemeente Dordrecht kreeg het klankrijke instrument in 1966 aangeboden. Het was een geschenk van de bevolking en het bedrijfsleven. De beiaard is in het jaar 2000 uitgebreid met vier grote en veertien kleine klokken. Zonder klepels bedraagt het totale gewicht van de klokken circa 56 ton.
De klokken van de beiaard zijn opgesteld in een reusachtige klokkenkamer van 14x10x10 meter. De zwaarste klokken hangen in de ruim 500 jaar oude klokkenstoel, de negenendertig hogere in een aparte houten stoel daarboven. De zwaarste klok weegt 10.000 kilo.
De beiaard is net als de toren eigendom van de gemeente Dordrecht.
Beiaardconcerten zijn op diverse plaatsen in Dordrecht en Zwijndrecht goed te beluisteren. Op de plattegrond worden aanbevolen luisterplaatsen aangegeven.
De klokken van de beiaard
| randschrift | jaar | gewicht | diameter |
| Jan Noorland-klok Het carillon laat klanken vallen en lichte scheepjes domeinen op Bach terwijl de dageraad rank overbrugd wordt tussen Bordeaux en Stockholm | 1999 | 9830 kg | 251,8 cm |
| Van der Wees-klok Van de zegen op water en wegen werd deze klok verkregen | 1999 | 6620 kg | 221,3 cm |
| Als ochtendgloren opnieuw geboren is telkenmale het lied van de toren | 1965 | 5608 kg | 208,7 cm |
| Arij Scheffer-klok De stad waar hoog een halve toren staat, een klok haar bronzen klank uitzingt en de Oude Maas de echo meevoert naar het zilte eindeloze schuim vanuit… | 1999 | 4610 kg | 196,8 cm |
| Wij schikken willig ons tot orde opdat het lied geboren worde | 1965 | 4033 kg | 185,5 cm |
| Ferdinand Bol-klok Hoor, de toren zingt, zegt een kind, dat beneden in de oude straten speelt met zijn gedachten en de tijd even stil doet staan met zijn blijdschap | 1999 | 3230 kg | 174,2 cm |
| Wees in aardse lust verblijd, wees bereid tot eeuwigheid | 1965 | 2738 kg | 164,1 cm |
| Ut vox sonat in deserto Christo tubas in aperto voce clara laetabunda parate vias Domini: Johannes ergo vocaberis | ±1460 | 2500 kg | 170,0 cm |
| Voor het lied van de toren open uw oren, voor het lied van het leven uw hart | 1965 | 2000 kg | 147,7 cm |
| De klokken manen bij vroom en vree, hoe ook de wereld twist en woedt | 1965 | 1666 kg | 139,3 cm |
| Wolken verwaaien op de winden maar ons lied zal uw oor hervinden | 1965 | 1403 kg | 131,3 cm |
| Wereld verward, mens benard, het lied van de klokken verkwikt het hart | 1965 | 1180 kg | 123,7 cm |
| Onze monden verkonden de lof van het leven, prijs mens, het lof u gegeven | 1965 | 1006 kg | 116,9 cm |
| Geef geen ruimte aan laf beklag, altijd weer rijst een nieuwe dag | 1965 | 840 kg | 110,3 cm |
| Wij voegen ons naar de hand die ons leidt en het lied zweeft weg bevrijd | 1965 | 668 kg | 103,6 cm |
| Verbreidt uw zwaren galm en wees in licht en duister, symbool van nieuwen roem op Dordrechts ouden luister | 1965 | 548 kg | 98,0 cm |
| Altijd paraat, altijd bereid, trouw aan een taak, standvastigheid | 1965 | 462 kg | 92,5 cm |
| Klink vrij, doch blijf, als onderdeel een waarlijk lid van ’t groot geheel | 1965 | 397 kg | 87,4 cm |
| Hoog boven mensen en hun krakelen zingt ons lied uit helder kelen | 1965 | 321 kg | 82,2 cm |
| Van de Dordtenaar | 1965 | 272 kg | 78,0 cm |
| Burgemeester Bleeker-klok | 1965 | 230 kg | 73,0 cm |
| Coöperatie | 1965 | 197 kg | 69,5 cm |
| Geschonken door ‘Holland van 1859’ | 1965 | 163 kg | 65,2 cm |
| D.V.V. ‘Emma’ | 1965 | 151 kg | 63,0 cm |
| Geschonken door de ‘Eerste Nederlandsche’ | 1965 | 127 kg | 59,7 cm |
| Van de Dordrechtse Slagersvereniging | 1965 | 111 kg | 56,9 cm |
| Notaris J.A.L.L. Tittel | 1965 | 95 kg | 54,4 cm |
| Sjoertje Kalis-Klasssen | 1965 | 86 kg | 51,4 cm |
| G.E. de Roo van Westmaas, oud-burgemeester van Dubbeldam en mevr. Lilian L. de Roo van Westmaas-von Buol | 1965 | 74 kg | 49,4 cm |
| Chief Whip | 1965 | 69 kg | 47,1 cm |
| W.R.C. de Roo, mevr M.E. de Roo-de Vries, Velp | 1965 | 58 kg | 45,1 cm |
| Familie dr. Th. Stoop | 1965 | 54 kg | 43,2 cm |
| Van de Dordts Dagbladlezers | 1965 | 49 kg | 41,8 cm |
| Sociëteit voor Econ. Overleg | 1965 | 45 kg | 40,2 cm |
| ’t Land van Valk | 1965 | 38,9 kg | 38,5 cm |
| D.J. van Leen | 1965 | 34,4 kg | 37,0 cm |
| Gerard Veth | 1965 | 32,9 kg | 36,1 cm |
| Gemeentesecretarie en Bureau/Gemeenteontvanger | 1965 | 30,4 kg | 34,7 cm |
| H. van Gijn | 1965 | 28,8 kg | 33,6 cm |
| Volker Stevin | 1965 | 25,7 kg | 32,5 cm |
| 1965 | 23,4 kg | 31,7 cm | |
| 1965 | 21,1 kg | 30,1 cm | |
| 1965 | 20,3 kg | 29,1 cm | |
| 1965 | 19,1 kg | 28,5 cm | |
| 1965 | 18,3 kg | 28,0 cm | |
| 1965 | 17,8 kg | 27,0 cm | |
| 1965 | 16,1 kg | 25,9 cm | |
| 1965 | 15,4 kg | 25,5 cm | |
| 1965 | 15,3 kg | 24,9 cm | |
| 1965 | 14,6 kg | 24,5 cm | |
| 1965 | 14,6 kg | 24,1 cm | |
| 1965 | 14,1 kg | 23,6 cm | |
| 1965 | 14,0 kg | 23,1 cm | |
| Aelbert Cuyp-klok G.N. Rouw | 1999 | 13,9 kg | 22,3 cm |
| Gerrit Tegelberg-klok Timmer/Verzijl | 1999 | 13,6 kg | 21,8 cm |
| Nicolaes Maes-klok de Kil bv Kraanbedrijf | 1999 | 13,2 kg | 21,3 cm |
| Samuel van Hoogstraten-klok Reppel bv Bouwspecialisten | 1999 | 12,6 kg | 20,7 cm |
| Arent de Gelder-klok Rabobank | 1999 | 11,9 kg | 20,1 cm |
| Jacob van Stry-klok Waterbedrijf Europoort | 1999 | 12,5 kg | 20,2 cm |
| Abraham van Stry-klok Krohne Altometer | 1999 | 11,4 kg | 19,9 cm |
| Aert Schouman-klok Groeneveld Opticiens | 1999 | 12,4 kg | 19,9 cm |
| Kees Buddingh’-klok ABN AMRO Bank | 1999 | 11,2 kg | 18,8 cm |
| Top Naeff-klok Pauline 1894-1989 | 1999 | 10,8 kg | 18,5 cm |
| Jacob Cats-klok Lips | 1999 | 9,1 kg | 17,7 cm |
| Jacques Perk-klok A.K.D. Prinsen | 1999 | 9,3 kg | 17,7 cm |
| Dirk Jansz Tegelberg-klok Chemproha | 1999 | 9,7 kg | 17,6 cm |
| Gerrit Olinckhoff-klok Pingel Detachering | 1999 | 10,7 kg | 17,9 cm |
Naast de 67 klokken van de beiaard is er nog een klok in de toren. Deze dient als slagklok voor het halfuur. Deze klok werd in 1681 gegoten door de Rotterdamse bronsgieter Johannes Ouderogge. De klok draagt het randschrift ‘Soli Deo Gloria, Joannus Ouderogge, Rotterdams, me fecit 1681’ en weegt ongeveer 2600 kg.