Lange tijd werd in Nederland rond en in de kerk begraven. Dit geldt ook voor Dordrecht. Toen eind van de 13e een nieuwe haven aan de zuidzijde werd gegraven, werd het kerkhof verkleind. Begin 18e eeuw werd de begraafplaats buiten gebruik gesteld.
Al in de 14e eeuw werd begraven in de kerk. De grafrechten konden voor een bepaalde tijd worden aangekocht. Na die tijd konden de nabestaanden tegen betaling voor een zelfde periode over het graf beschikken. Als de nabestaanden in gebreke bleven, verviel het graf aan de kerk en kon worden doorverkocht.
De vloer van de kerk is bedekt door een groot aantal grafstenen. Sommige graven waren indertijd afgedekt met een koperen plaat. De koperen platen zijn veelal omgesmolten, meestal in oorlogstijd.
In het hoogkoor ligt de enige koperen plaat die bewaard is gebleven.
De grafzerken zijn voorzien van een naam, soms van een levensbeschrijving, soms van een huismerk of gildeteken.
Franse tijd
Het gedachtegoed van de Franse revolutie van 1789 breidde zich uit buiten Frankrijk. Revolutionaire Franse legers, aangevuld met patriotten, vielen de Nederlanden binnen.
Na de overwinning van de Fransen werd de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden omgedoopt tot Bataafse Republiek.
Vrijheid, Gelijkheid en Broederschap was het motto. Afkeer van de Oranjes en van de aristocratie kwam tot uiting in de verordening dat wapenschilden en familiewapens verwijderd zouden moeten worden. Gelijkheid, niet het onderscheid, moest er heersen.
De Kerkmeesters van de Grote Kerk gaven begin juni 1795 gehoor aan deze verordening. Zij gaven de eigenaren van graven gedurende 4 maanden de tijd grafzerken met familiewapens te verwijderen en te vervangen door gladde zerken of de bestaande wapens af te houwen. Ook kregen eigenaren tijd om rouwborden met familiewapens te verwijderen.
De voortgang van de gevraagde werkzaamheden werd nauwgezet gevolgd door de patriotten. Bij het in gebreke blijven werden eigenaren opnieuw aangesproken.
Verbod op begraven in de kerk
In 1829 werd het begraven in de kerk verboden. Sindsdien voldeden slechts weinig families aan de verplichtingen te betalen voor het graf. De meeste graven zijn dan nu ook eigendom van de kerk.
De laatste begrafenis in de Grote Kerk vond plaats op 27 juni 1829. Johanna Lugten werd begraven in een graf in de noorderzijbeuk (graf F82).
De openbare begraafplaats (nu de Essenhof) werd op 1 juli 1829 officieel in gebruik genomen.
Gedenktekens in de Kerk
In de kerk zijn een aantal gedenktekens geplaatst. Dit betreft onder meer een gedenkteken voor de Dordtse kunstschilder Johannes Christiaan Schotel. Hij was vooral bekend vanwege de maritieme onderwerpen. Het gedenkteken werd door bewonderaars geschonken. Vier jaar na de dood van Schotel werd het in de Grote Kerk geplaatst.
Ook voor Pompejus de Roovere, Heer van Hardinxveld, is een herdenkingsmonument te zien in de Grote Kerk. Dit monument is geplaatst tegen de westmuur van de zuiderzijbeuk. De Roovere, overleden in 1638, is begraven in het familiegraf in de Grote Kerk. Het epitaaf werd geplaatst in de kerk van Hardinxveld. In de eerste helft van de 20ste eeuw werd het overgeplaatst naar de Grote Kerk.
Restauratie 1983-1987
Tijdens de laatste grote restauratie zijn alle grafzerken gelicht. Vele bleken los te liggen. Veel keldermuurtjes bleken in slechte staat. De muurtjes zijn hersteld en van betonbalkjes voorzien, om te voorkomen dat de kelders zouden instorten.